Санатана родился в 1488 году в бенгальской деревне в провинции Джессор. Он был старшим братом Рупы и Анупамы. Санатана, Рупа и Анупама — это имена, которые им дал Чайтанья Махапрабху. В некоторых источниках утверждается, что при рождении родители дали Санатане имя Сантоша, Рупе — Амара, а Анупаме — Валлабха. Все три брата с раннего детства очень любили играть в лесах, окружавших их родительский дом. Там, среди деревьев тамала, кели-кадамба и туласи, они воспроизводили лилы Кришны, дав лесным прудам имена священных озёр во Вриндаване, — Радха-кунда и Шьяма-кунда. Таким образом, братья были постоянно погружены в памятование о Кришне и его играх.